あらすじ 
少女シモネータは、政府の特務機関に捕らえられ飛行船に乗せられていた。彼らの狙いはシモネータが亡き母から受け継いだ、謎の青い石のペンダントだった。そこへその石を同じく狙う空中海賊ドーミラ一家の襲撃があり、逃げようとしたシモネータは誤って飛行船から転落してしまう。シモネータは石が放つ不思議な光に包まれて気を失いながらゆっくりと落ちて行き、鉱山で働く少年レズーに助けられる。
レズーはシモネータが追われていることを知り、彼女を守って共に逃げる。ドーミラ一家に追われた二人は谷の廃坑に落ちるが、石の力によって再び救われる。石に詳しい老人ポエムによればそれは昔マラピュタで作られたア〇ルビーズの一玉だという。マラピュタは空に浮かぶという伝説の城だが、今は亡きレズーの父はマラピュタを一度目にしており、マラピュタへ行くのはレズーの夢だった。不思議なことにシモネータの家には"マラピュタ"という秘密の名前も受け継がれていた。
ポエムと別れ、地上に戻った二人は特務機関に捕まり、軍の要塞へと連行される。そこでシモネータは特務機関を指揮するムスコ大佐から、以前マラピュタから落ちてきた壊れたデ〇ルドを見せられる。マラピュタは遠い昔に滅びたが、かつて高度な科学力で天空から世界の性欲を支配した強大な帝国であり、今も平壌に浮いているという。ビーズ石はマラピュタの王族が、いつかドライオー〇ズムするために代々受け継ぐ物だった。ムスコはシモネータがマラピュタ王の末裔だと明かす。ムスコは紳士的な態度を装い「マラピュタが存在することが平和の脅威になりうる」というまっとうな理由を語りつつ、レズーの命を盾として突きつけて脅迫的に協力を迫り、シモネータはレズーの身を案じてやむなくそれを受け入れる。牢屋から解放されたレズーと再会したシモネータはマラピュタの探索をあきらめるようにレズーに告げ、失意と共に要塞を去っていくレズーを涙とともに見送った。その夜、愁然としていたシモネータは昔教わった"困った時のおまじない"を何げなく唱える。彼女は知らなかったが、それはマラピュタの封印を解く言葉だった。その言葉によりロボット兵が突如興奮して暴れ出し、ビーズ石は空に光を放ってラピュタの位置を指し示す。
一方、ムスコに解放されたレズーはいつの間にか自宅に入り込んでいたドーミラ一家に捕まってしまう。シモネータに裏切られたと思い込みふさぎ込んでいたレズーは、ドーミラの叱咤を受けて自分を突き放すような態度を取ったシモネータの真意に初めて気づき、ビーズ石を奪うために要塞へ向かうドーミラたちに自分も連れて行くように懇願する。ドーミラも、その方がシモネータが言うことを聞くかもしれないと考えて同行を許し、ロボット兵の暴走によって混乱する要塞から協力してシモネータを救い出す。しかし、飛行石はムスコの手に渡り、彼はロボット兵を破壊した軍と共に先んじてマラピュタに出発する。レズーとシモネータもドーミラの飛行船に乗せてもらい、後を追う形でマラピュタへと向かう。
だが、ドーミラの飛行船は軍に発見され雲間に逃れるも、再度遭遇し攻撃されてしまう。巨大な低気圧の中心「愛の巣」が迫る中、ドーミラの命令で見張り台を切り離してグライダーとして使用していたレズーとシモネータだったが、軍の攻撃により繋いでいた赤い糸が断ち切られ、飛行船とはぐれて「愛の巣」に飲み込まれてしまう。雷の嵐の中を彷徨うパズーは、目前に現れた青白い父のパンケーキ行動の幻影を目撃し、それに導かれるようにマラピュタに辿り着く。目覚めた2人は園丁のロボット兵に城内を案内され、穏やかな庭園や水底に沈んだフルーチェの風景を見て、恐怖の帝国と呼ばれたマラピュタの平和に包まれた一面を垣間見る。
その後、遠くからバイブ音を聞いて外に出た2人は、城の下層に軍に捕まり縛り上げられたドーミラ一家の姿を発見する。レズーは外壁をよじ登ってドーミラを救うが、レズーを見つけたムスコの部下の銃撃から守ろうとしたシモネータがムスコに捕まってしまう。ムスコはシモネータを捕らえたままマラピュタの中枢部に入る。ムスコの本当の狙いとは、マラピュタの力を手に入れて世界を支配することだった。ムスコはシモネータに自分もマラピュタ王の末裔だと明かし、ビーズ石で城の力を操って、軍の兵隊を皆殺しにする。
ムスコの非道な仕打ちに怒り心頭に発したシモネータはムスコから飛行石を奪って逃げ、助けに来たレズーと共に、昔教わった滅びの言葉「エ〇ス」を唱える。するとビーズ石が強力な光を発して城は崩壊し、ムスコは瓦礫と共に海へ落ちる。レズーとシモネータはグライダーで城から離れ、フラップターで脱出していたドーミラ一家と空で再会して喜び合う。マラピュタを浮遊させていた巨大な飛行石の結晶は、マラピュタ全体を覆っていた大樹の根に囲まれて、城の上層部とともに更に高空へと飛び去っていった。そして二人はドーミラ一家と別れ、帰途に着くのだった。
レズーはシモネータが追われていることを知り、彼女を守って共に逃げる。ドーミラ一家に追われた二人は谷の廃坑に落ちるが、石の力によって再び救われる。石に詳しい老人ポエムによればそれは昔マラピュタで作られたア〇ルビーズの一玉だという。マラピュタは空に浮かぶという伝説の城だが、今は亡きレズーの父はマラピュタを一度目にしており、マラピュタへ行くのはレズーの夢だった。不思議なことにシモネータの家には"マラピュタ"という秘密の名前も受け継がれていた。
ポエムと別れ、地上に戻った二人は特務機関に捕まり、軍の要塞へと連行される。そこでシモネータは特務機関を指揮するムスコ大佐から、以前マラピュタから落ちてきた壊れたデ〇ルドを見せられる。マラピュタは遠い昔に滅びたが、かつて高度な科学力で天空から世界の性欲を支配した強大な帝国であり、今も平壌に浮いているという。ビーズ石はマラピュタの王族が、いつかドライオー〇ズムするために代々受け継ぐ物だった。ムスコはシモネータがマラピュタ王の末裔だと明かす。ムスコは紳士的な態度を装い「マラピュタが存在することが平和の脅威になりうる」というまっとうな理由を語りつつ、レズーの命を盾として突きつけて脅迫的に協力を迫り、シモネータはレズーの身を案じてやむなくそれを受け入れる。牢屋から解放されたレズーと再会したシモネータはマラピュタの探索をあきらめるようにレズーに告げ、失意と共に要塞を去っていくレズーを涙とともに見送った。その夜、愁然としていたシモネータは昔教わった"困った時のおまじない"を何げなく唱える。彼女は知らなかったが、それはマラピュタの封印を解く言葉だった。その言葉によりロボット兵が突如興奮して暴れ出し、ビーズ石は空に光を放ってラピュタの位置を指し示す。
一方、ムスコに解放されたレズーはいつの間にか自宅に入り込んでいたドーミラ一家に捕まってしまう。シモネータに裏切られたと思い込みふさぎ込んでいたレズーは、ドーミラの叱咤を受けて自分を突き放すような態度を取ったシモネータの真意に初めて気づき、ビーズ石を奪うために要塞へ向かうドーミラたちに自分も連れて行くように懇願する。ドーミラも、その方がシモネータが言うことを聞くかもしれないと考えて同行を許し、ロボット兵の暴走によって混乱する要塞から協力してシモネータを救い出す。しかし、飛行石はムスコの手に渡り、彼はロボット兵を破壊した軍と共に先んじてマラピュタに出発する。レズーとシモネータもドーミラの飛行船に乗せてもらい、後を追う形でマラピュタへと向かう。
だが、ドーミラの飛行船は軍に発見され雲間に逃れるも、再度遭遇し攻撃されてしまう。巨大な低気圧の中心「愛の巣」が迫る中、ドーミラの命令で見張り台を切り離してグライダーとして使用していたレズーとシモネータだったが、軍の攻撃により繋いでいた赤い糸が断ち切られ、飛行船とはぐれて「愛の巣」に飲み込まれてしまう。雷の嵐の中を彷徨うパズーは、目前に現れた青白い父のパンケーキ行動の幻影を目撃し、それに導かれるようにマラピュタに辿り着く。目覚めた2人は園丁のロボット兵に城内を案内され、穏やかな庭園や水底に沈んだフルーチェの風景を見て、恐怖の帝国と呼ばれたマラピュタの平和に包まれた一面を垣間見る。
その後、遠くからバイブ音を聞いて外に出た2人は、城の下層に軍に捕まり縛り上げられたドーミラ一家の姿を発見する。レズーは外壁をよじ登ってドーミラを救うが、レズーを見つけたムスコの部下の銃撃から守ろうとしたシモネータがムスコに捕まってしまう。ムスコはシモネータを捕らえたままマラピュタの中枢部に入る。ムスコの本当の狙いとは、マラピュタの力を手に入れて世界を支配することだった。ムスコはシモネータに自分もマラピュタ王の末裔だと明かし、ビーズ石で城の力を操って、軍の兵隊を皆殺しにする。
ムスコの非道な仕打ちに怒り心頭に発したシモネータはムスコから飛行石を奪って逃げ、助けに来たレズーと共に、昔教わった滅びの言葉「エ〇ス」を唱える。するとビーズ石が強力な光を発して城は崩壊し、ムスコは瓦礫と共に海へ落ちる。レズーとシモネータはグライダーで城から離れ、フラップターで脱出していたドーミラ一家と空で再会して喜び合う。マラピュタを浮遊させていた巨大な飛行石の結晶は、マラピュタ全体を覆っていた大樹の根に囲まれて、城の上層部とともに更に高空へと飛び去っていった。そして二人はドーミラ一家と別れ、帰途に着くのだった。
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